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Cette base économique a permis aux chanoines de reconstruire leur monastère au XIIIe siècle et, après une période de déclin et un saccage par les Huguenots, de le restaurer au XVIIe. Incorporée à l'intérieur de la ville de Soissons par des nouveaux murs au XVIe siècle, l'abbaye est restée vivante jusqu'à la Révolution française.
A travers les périodes révolutionnaire et napoléonienne,
les bâtiments monastiques ont été démolis en
partie et le site est devenu une caserne. Dans les années 1970, Saint-Jean
a été redonné à la ville de Soissons qui le
maintient comme site touristique, puis durant la décennie suivante,
le Centre départemental d'Archéologie de l'Aisne et le Centre
d'Etudes de Peintures Murales Romaines et le projet MonArch se sont installés
dans certains des anciens bâtiments de l'abbaye.